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潘懋元教授曾任厦门大学副校长、顾问、海外教育学院院长、国务院学位委员会教育学科评审组召集人。现任厦门大学高等教育科学研究所名誉所长、中国高等教育学会副会长、全国高等教育学研究会理事长；兼任教育部教育发展研究中心、天津教育科学院、南京大学、华中科技大学、华南师范大学、中南大学、华中师范大学、广西大学、深圳大学等30多所研究机构和大学兼职或名誉研究员、教授。 潘懋元教授在50年代就倡议建立高等教育学新学科，以促进高等教育的改革发展与提高高等教育质量。三中全会之后他的倡议得到全国高等教育界的关注与支持。1984年国务院学位委员会将高等教育学正式列为独立的二级学科。潘懋元教授所主编的《高等教育学》奠定了这一新学科的基础。 　　 1978年潘懋元创办并主持了全国第一所高等教育研究机构──厦门大学高等教育科学研究室；1981年开始招收中国第一批高等教育学硕士生；1984年教育部将该室改所并下达编制，潘懋元教授被任命为所长；1986年该所被评为第一个博士学位授予点，潘懋元教授被评为中国第一位高等教育学科博士生导师，并开始招收第一批高等教育学博士生；1988年该所被评为全国教育学重点学科点；1998年，该学科被批准为国家“211工程”重点建设项目；2000年在该所基础上成立的高等教育发展研究中心被评为全国文科重点科研基地之一；2004年以该所为基础，建立厦门大学教育研究院，扩大研究范围，并增加研究生数量。1991年他被评为有突出贡献的专家并获得国务院特别津贴待遇；1999年，英国Hull大学授予他荣誉博士学位；2001年，他坚持数十年的高等教育学科建设与人才培养的成就获得国家优秀教学成果奖一等奖。